Najstarija naselja, čije je postojanje utvrđeno, pripadaju ranom neolitu koji je u Vojvodini počeo između 5000. i 4800. godine pre nove ere, a završio se između 3500. i 3300. godine pre nove ere. U narednom periodu – neolitu – razvijala se nova kultura (proto Tisa Polgar i Tisa Polgar grupa). Krajem starijeg gvozdenog doba (kraj IV i početak III veka pre n.e.) ovde, kao i u celoj Vojvodini, pojavili su se Kelti, koji vrše asimilaciju i potiskivanje starosedelačkog stanovništva. Od tada, pa do početka vladavine Rimljana, ova oblast je pripadala plemenskoj državi Skordiska. U I veku p.n.e. u ove krajeve su došli Sarmati - narod poreklom sa iranske visoravni. Sredinom V veka u oblasti Tise formiran je hunski centar. U sledećem veku, 567. godine, u oblasti srednje Tise utvrđuju se Avari, koji su ovamo dospeli iz oblasti crnomorskih stepa. Već 602. godine avarsko-slovenske mase preplavile su Balkansko poluostrvo, ali im je centar ostao zapadno od Tise, sve dok u ratu sa franačkom državom nisu potpuno uništeni. Posle propasti Avara, na ovom terenu je ostalo slovensko stanovništvo sa svojim starešinama. Između 814. i 831. godine duž Tise su prodirali Bugari pod čijom je vlašću tada bio Srem.   U XI veku današnja Bačka je bila podeljena na bačku županiju, čiji je centar bio u gradu Baču i bodrošku županiju, čiji je centar bio Bodrog, koji je ležao u blizini današnjeg Bačkog Monoštora. Granica između njih išla je približno tokom Crne bare (kasnije Veliki bački kanal). U XII veku pominje se Bečej kao pristanište u kojem je put iz Bodroga izbijao na Tisu. Prema Rudolfu Šmitu Bečej se prvi put pominje u dokumentima 1238. godine za vreme Bele IV. Mađarski autor Đerfi Đerđ je, međutim, našao dokaz da se mesto Bečej pominje još 1091. godine. Prema njemu Bačko Petrovo Selo se prvi put pominje kao Peterreve (Petrova skela) 1092. godine. Bačko Gradište pominje se kao Foldvar (zemljani grad) 1316. godine, dok je na mestu gde se nekadašnja Crna Bara, sada Veliki Bački kanal, ulivala u Tisu, postojalo zemljano utvrđenje Gradišče iz neolita. Potopljeno je izgradnjom nasipa za zaštitu od poplava. U XII veku u blizini Bečeja postojalo je saracensko selo Kurlak. Naziv Bečej iz tog vremena ne odnosi se na neko naselje na teritoriji današnjeg grada, već na tvrđavu i pristanište nizvodno na Tisi, između Starog i Novog Bečeja.   Od 1238. godine do polovine XVI veka Bečej je promenio desetak feudalnih gospodara. Turci su pod Muratom II, godine 1439. izbili na Savu i Dunav. Bečej je tada pripadao despotu Đurđu Brankoviću. Samu bečejsku tvrđavu na Tisi zauzeli su 20. septembra 1551, a već 1552. godine je sva teritorija današnje Vojvodine bila pod Turcima. Posle osvajanja Turci su u ovim područjima naselili srpsko stanovništvo iz oblasti južno od Save i Dunava. Posle sloma ustanka protiv Turaka 1594. godine, Turci su sa Tatarima gotovo uništili stanovništvo čiji se jedan deo raselio. Tom prilikom uništena su i naselja Perlek i Botra. Perlek se nalazio na visokoj lesnoj terasi iznad Tise, na severnoj periferiji današnjeg Bečeja, istočno i zapadno od druma za Bačko Petrovo Selo i posle uništenja od strane krimskih Tatara nije više obnavljan. Botra se nalazila na današnjoj južnoj periferiji grada, južno od kanala D.T.D. Nakon austro-turskog rata, Karlovačkim mirom 1699. predviđeno je rušenje svih tvrđava na Tisi. Odluka Karlovačkog mirovnog ugovora je izvršena, bar kad je reč o tvrđavi Bečej, 1701. godine. Od tada se ime Bečej počelo prenositi na naselje Kovin (Kovinac), koji su podigli stanovnici izbegli iz okoline tvrđave tokom XIV i XV veka. Kovinac se nalazio na lesnoj terasi iznad Tise.   Da bi se zaštitili od turskih upada iz Banata, Habzburgovci 1702. godine obrazuju vojnu granicu. Zbog rova - šanca, koji ga je okruživao, naselje se sve do 1774. godine zvalo Šanac Bečej, kada se ime menja u Stari Bečej. Vojna granica se ukida 1749. godine, a 1751. godine osniva se Potisko-krunski distrikt sa sedištem u Bečeju. Ovaj događaj je izuzetno značajan za dalji ubrzan rast i razvoj naselja. Stvaranjem distrikta, Bečej dobija status slobodnog carskog grada, što je pored ostalih privilegija donosilo i pravo na organizovanje godišnjih vašara i nedeljnih pijaca, čime su stvorene pretpostavke za neometanu trgovinu, što će kao rezultat dati ekonomsko snaženje grada. Godine 1757. u bečejski distrikt doseljavaju se prve mađarske porodice iz okoline Feldiveka i Jaskuna. Posle njih naselili su se Nemci, Slovaci i Jevreji. Tako je došlo do velike promene nacionalne strukture stanovništva jer je, na primer, 1751. godine Bečej je bio čisto srpsko naselje, a 1774. godine Mađari su činili 50% stanovništva.   Bečej će biti deo Austrougarske carevine sve do 1918. godine, kada Vojvodina ulazi u sastav Kraljevine Srba, Hrvata i Slovenaca. Na mestu Kutaša, nekadašnjeg naselja iz doba Turaka od 1922. godine podiže se naselje Mileševo. Dobilo je ime po manastiru Mileševi. Najveći broj stanovnika čine Mađari i Srbi. Mileševo se nalazi između grada Bečeja i Bačke Topole. Posle drugog svetskog rata formirano je najmanje i najmlađe naselje u opštini Bečej - Radičević. Građen je od 1946. godine i nosi ime po pesniku Branku Radičeviću. Posle drugog svetskog rata Bečej je i dalje sresko mesto, sve do 1955. kada je pripojen prvo vrbaškom, pa posle i novosadskom srezu. Godine 1955. Mileševo i Radičević ulaze u sastav opštine Bečej, 1960. godine i Bačko Gradište i Bačko Petrovo Selo.